Распоряжением Совета Министров СССР от 05 мая 1950 года № 6496-р на Усть-Лабинском заготовительном пункте Краснодарского края была организована опытная лаборатория ВНИИЗ , которая явилась началом создания научного подразделения отрасли хлебопродуктов на Кубани. Руководителем этой лаборатории была назначена выпускница Одесского технологического института пищевой промышленности Анна Григорьевна Киржнер .
Через три года, Приказом по Министерству заготовок СССР от 31 мая 1953 г. №172 Усть-Лабинская опытная лаборатория ВНИИЗ переведена на Краснодарский заготовительный пункт краевой конторы Заготзерно и стала называться Краснодарской опытной лабораторией ВНИИЗ. Заведующим был назначен И.С. Ирха, а в последствии Марина Ивановна Рязанцева.
Лаборатория проводила технические и химические анализы, под методическим руководством ВНИИЗ занималась активным вентилированием зерна в складах, изучением влияния основных факторов на стойкость при хранении пшеницы и разработкой рациональных режимов ее хранения, а также изучением передового опыта хранения зерна в складах заготпунктов.
Увеличение объемов заготовки зерна на Кубани, массовое строительство элеваторов большой емкости, кукурузо-калибровочных и крупозаводов, необходимость механизации процессов приема, сушки, очистки, хранения и отгрузки зерна различных культур привело к необходимости создания на Кубани более крупного, чем лаборатория научного подразделения.
В связи с этим Постановлением Государственного комитета Совета Министров СССР по координации научно-исследовательских работ от 23 июля 1963 г. (протокол № 50), на базе Краснодарской опытной лаборатории был создан Кубанский филиал Всероссийского научно-исследовательского института зерна и продуктов его переработки Министерства хлебопродуктов СССР. Директором филиала была назначена кандидат технических наук Марина Ивановна Рязанцева, успешно возглавлявшая его 20 лет.
На Кубанский филиал ВНИИЗ были возложены следующие направления исследований:
- изучение и обобщение опыта работы хлебоприемных пунктов, экономики и перспективного развития элеваторно-складского хозяйства Кубани;
- усовершенствование технологических процессов приема, послеуборочной обработки, размещения и хранения зерна и семян масличных культур;
- использование искусственного охлажденного воздуха для послеуборочной обработки и хранения зерна и семян масличных культур;
- изучение и организация способов защиты зерна и семян масличных культур от вредителей хлебных запасов ( насекомых, клещей);
- разработка на основе научных исследований правил ведения технологических процессов, инструкций по вопросам приема, хранения, сушки и переработки зерна и маслосемян отдельных культур и другой нормативно-технической документации .
За период работы филиала с 1963 по 1983 годы были изучены и разработаны технологии и режимы хранения, активного вентилирования, сушки таких основных культур как кукуруза. рис, подсолнечник, клещевина, сорго, рапс и др. Уточнен целый ряд таких нормативных документов как методика расчета выходов крупы на рисозаводах, инструкций по активному вентилированию , сушке, хранению зерна различных культур.
За эти годы 16 сотрудников филиала защитили кандидатские диссертации и успешно работали над различными проблемами ( С.Д. Олонцева, Г.А. Полчанинова В. Якимович, Г.В.Ветелкин, В.Е. Петренко, В.А.Соколов, И.П.Анастасиади, Б.К.Маратов, Е.Н.Дорошева, Т.А.Меркулова ,В.И. Саулькин, Т.М. Реутова, Е.И. Василенко, Ф.П.Сергеев, В.В.Нагорный, Л.Д.Нагорная.
С 1984г.по 1990г. Кубанский филиал ВНИИЗ возглавлял кандидат технических наук Виктор Кондратьевич Романенко.
С 1990 г.по 2016г. директором КФ ВНИИЗ являлся кандидат технических наук Ветелкин Геннадий Васильевич.
Годы перестройки и рыночные отношения повлияли как на частичное изменение направлений исследований, так и на принципиальное изменение организации работ в филиале.
За годы своей деятельности Кубанский филиал ВНИИЗ внес весомый вклад в развитие научно-технического прогресса агропромышленного комплекса Юга России. Им разработаны новые ресурсосберегающие технологии углубленной переработки зерна: сокращенная технология переработки риса, оборудование для ее реализации, технология утилизация рисовой лузги, технология выделения из отрубей и рисовой мучки технического крахмала, белково-углеводного концентрата, пищевых волокон, рисового масла. Создан новый продукт повышенной пищевой и биологической ценности - осахаренная кукурузная мука.
Разработаны и выпускаются заводами и экспериментальными мастерскими филиала ряд образцов новой техники: шелушильно-шлифовальная машина для риса-зерна производительностью 0,5 т/ч, шелушильная машина производительностью 1,5 т/ч (У12-БПР-1), шлифовальная 3 т/ч (У12-БШР.3), сепаратор для сортировки круп - 1 т/ч (БРС-1,5).
Лабораторное оборудование: ЛУР-2, печь желобковая для сжигания навесок зерна при определении сырого протеина У1-ЕПЛ; пресса лабораторные для отжима масла ручной и гидравлический У1-ЕПМ, рассев лабораторный РЛЭ-03, прибор экспрессного определения содержания эруковой кислоты в семенах крестоцветных.. Перечисленное лабораторное оборудование выпускается экспериментальными мастерскими филиала и нашло широкую реализацию.
Разработаны в КФ ВНИИЗ и внедрены на Славянском и других хлебоприемных предприятиях работы связанные с автоматизацией процессов: система комплексного автоматизированного управления прямоточной и рециркуляционной зерносушилкой с регулированием влажности зерна на выходе, система управления транспортным оборудованием элеватора с подсистемой управления маршрутами перемещения зерна. Найдено новое решение радикальной модернизации системы контроля температуры в силосах элеватора с сохранением существующих термоподвесок и заменой местных блоков на бесконтактные измерительные системы.
В 2017г. приказом ФАНО от 17.02.2017г. № 100 КФ ФГБНУ "ВНИИЗ" реорганизован путем присоединения к ФГБНУ "ФНЦ пищевых систем им. В.М.Горбатова" РАН. В настоящее время Кубанский филиал ФГБНУ "ФНЦ пищевых систем им. В.М.Горбатова "РАН возглавляет кандидат технических наук Черкасов Сергей Владимирович.